연말정산 vs 종합소득세 – 뭐가 다르고, 나는 뭘 준비해야 할까?

매년 1~2월이면 회사에서 “연말정산 자료 제출하세요” 메일이 오고, 5월이 되면 “종합소득세 신고하세요” 문자가 날아옵니다.
문제는 이 둘의 차이를 제대로 설명해주는 사람은 거의 없다는 거죠.

저도 한때는 “회사에서 연말정산 했는데, 이걸로 끝 아닌가?” 했다가… 부업 원고료를 따로 신고 안 해서 5월에 가산세 고지서 받고 멘붕 온 적이 있습니다.
혹시 지금 이런 고민 중이라면:

  • “나는 직장인인데, 종합소득세도 해야 하나?”
  • “연말정산이랑 종합소득세, 둘 다 하는 사람도 있어?”
  • “올해는 뭐가 바뀌어서 더 챙겨야 한다던데…?”

이 글에서 한 번에 정리해 드릴게요.


1. 연말정산·종합소득세 한 번에 이해하기

연말정산이란?

  • 대상: 근로소득(월급)만 있는 직장인
  • 역할: 회사가 1년 동안 월급에서 미리 떼어간 세금(원천징수)을 연말에 다시 계산해서 과납/과소를 정산하는 절차
  • 특징
  • 회사가 국세청에 대신 신고
  • 근로소득 위주로 공제·세액공제 적용
  • 보통 다음해 1~3월 급여에 환급 또는 추가 납부 반영

종합소득세란?

  • 대상 소득 6가지
  • 근로소득
  • 사업소득(프리랜서·개인사업자, 임대소득 포함)
  • 이자소득
  • 배당소득
  • 연금소득
  • 기타소득
  • 역할: 이 6가지 소득을 1년에 한 번 합산해서 스스로 신고·납부하는 세금
  • 대표 대상자
  • 프리랜서, 3.3% 원천징수 받는 분
  • 개인사업자·소규모 자영업자
  • 직장 다니면서 유튜브·블로그·강의·콘텐츠 창작 등 부업 수입 있는 N잡러
  • 이자·배당 등 금융소득이 연 2,000만 원을 넘는 사람(금융소득종합과세)

정리하면

  • 연말정산 = 직장인 월급 세금 정산 (회사 담당)
  • 종합소득세 = 월급 포함 ‘모든 소득’ 종합 정산 (본인 직접 신고)

2. 나는 무엇을 신고해야 할까? (체크리스트)

아래에서 내 상황을 체크해 보세요.

✅ 연말정산만 하면 되는 경우

  • [ ] 한 회사에서만 급여(근로소득)를 받는다
  • [ ] 프리랜서·사업·임대·기타소득이 전혀 없다
  • [ ] 그 회사에서 연말정산을 정상적으로 완료했다

이 경우엔 보통 5월 종합소득세 신고를 따로 할 필요가 없습니다.


✅ 종합소득세 신고가 필요한 경우

  • [ ] 프리랜서로 3.3% 원천징수 후 수입을 받았다
  • [ ] 개인사업자로 사업소득이 있다
  • [ ] 직장에 다니면서
  • 유튜브, 블로그, 인스타/틱톡 광고 수익
  • 강연료, 강의료, 컨설팅비
  • 원고료, 인세, 각종 외주비 등
    부업 수입이 있었다
  • [ ] 이자+배당소득이 연 2,000만 원을 초과했다 (금융소득종합과세 대상)
  • [ ] 두 군데 이상에서 근로소득을 받았는데,
  • 마지막 회사에서 합산 연말정산을 안 했다
  • [ ] 중도 퇴사했는데, 회사에서 연말정산을 해주지 않은 채 퇴사했다

이 중 하나라도 체크됐다면,
👉 연말정산 + 5월 종합소득세 신고 둘 다 신경 써야 할 가능성이 높습니다.


3. 시기·방법·환급까지 완전 다른 두 신고

구분연말정산종합소득세
대상근로소득 위주 직장인사업·프리랜서·부업 등 종합소득자
신고 시기다음해 1~3월 사이 회사 일정에 맞춰다음해 5월 1일~5월 31일
2024년 소득 기준 신고(2025년)2025년 1~3월2025년 5월 1일~6월 2일 (5/31이 토요일이라 6/2 월요일까지)
신고 주체회사(대부분 일괄 처리)본인 직접(또는 세무사)
신고 시스템회사 연말정산 시스템, 회사가 홈택스로 일괄 신고국세청 홈택스, 손택스(모바일)
환급 시점보통 2~3월 급여에 반영6월 이후 국세청에서 계좌 입금

포인트

  • “회사에서 연말정산 했으니 끝!” 이라고 생각하기 쉽지만,
    부업·프리랜서·2곳 이상 급여가 있으면 5월 신고가 한 번 더 있다는 걸 꼭 기억하세요.

4. 2025년 기준, 알아두면 ‘돈 되는’ 세법 포인트

여기서는 현재 시점(2025년 11월 기준) 실제로 확정·시행 중인 내용만 정리합니다.

4-1. 종합소득세 세율 구간 (2023귀속부터 적용)

현재 종합소득세 기본세율(2023·2024년 귀속 기준)은 다음과 같습니다.

  • 과세표준 1,400만 원 이하: 6%
  • 1,400만 초과 ~ 5,000만 원 이하: 15%
  • 5,000만 초과 ~ 8,800만 원 이하: 24%
  • 그 이상은 35%~45% 구간으로 점점 상승

예를 들어,

  • 부업으로 1년간 순이익 1,000만 원이 생겼다면 대부분 6% 구간에서 세금이 계산됩니다(다른 소득·공제에 따라 달라질 수 있음).

※ 글 초안에서 “1,200만 원 이하 6% → 1,400만 원 이하로 확대”라고 쓴 내용은 맞는 말이지만, 이미 2023귀속분 신고(2024년 5월)부터 적용 중인 사항입니다. 2025년에 새로 생긴 변경은 아닙니다.


4-2. 결혼 세액공제 신설 (2024~2026 한시 적용)

  • 대상: 2024~2026년 사이에 혼인신고를 한 거주자
  • 금액: 1인당 50만 원 세액공제
  • 부부가 둘 다 근로소득자라면 각 50만 원씩, 합계 100만 원까지 공제 가능
  • 특징
  • 생애 1회만 가능
  • 초혼·재혼, 나이와 무관
  • 적용 시점 예시
  • 2024년에 혼인신고 → 2024년 소득에 대해 2025년 연말정산/종합소득세 신고 때 공제 적용

예시

  • 2024년에 결혼한 맞벌이 부부:
  • 남편: 세액 150만 원 → 결혼 세액공제 50만 원 적용 → 100만 원으로 줄어듦
  • 아내: 세액 80만 원 → 결혼 세액공제 50만 원 적용 → 30만 원으로 줄어듦

4-3. 헬스장·수영장 이용료 소득공제 (2025년 7월 1일 이후 사용분)

  • 제도: 문화비 소득공제 범위를 체육시설(헬스장·수영장)까지 확대
  • 시행 시점: 2025년 7월 1일 결제분부터 적용
  • 대상: 총급여 7,000만 원 이하 근로소득자
  • 공제 방식
  • 문화비(도서·공연·영화 등) + 헬스장·수영장 이용료 합산 금액의 30%
  • 300만 원 한도 내에서 추가 소득공제

즉, 2025년에 헬스장·수영장에 많이 썼다면,
2026년 연말정산(2025년 귀속) 때 꽤 쏠쏠한 공제가 될 수 있습니다.


4-4. 노란우산공제 소득공제 한도 인상

소상공인·개인사업자의 대표적인 절세 수단인 노란우산공제

  • 소득공제 한도가 100만 원 인상되어,
  • 소득 4,000만 원 이하: 연 600만 원
  • 소득 4,000만~1억 원: 연 400만 원
  • 1억 원 초과: 연 200만 원까지
    소득공제를 받을 수 있습니다.

개인사업자·프리랜서라면 국민연금 + 노란우산공제 + 연금계좌 조합으로 장기적인 절세 플랜을 짜는 게 유리합니다.


5. “그냥 안 내면 안 되나…?” 신고 안 했을 때의 페널티

솔깃한(?) 생각이지만, 현실은 꽤 가혹합니다.

가산세 구조

  • 무신고 가산세
  • 신고 자체를 안 한 경우
  • 납부해야 할 세액의 20% 추가 부과 (부정행위 시 40% 이상)
  • 납부지연 가산세
  • 신고는 했지만 제때 내지 않은 경우
  • 미납세액 × 0.025% × 지연일수

간단 예시

  • 원래 내야 할 종합소득세: 100만 원
  • 신고도 안 하고, 나중에 적발되었다면?

① 무신고 가산세: 100만 × 20% = 20만 원
② 납부지연 가산세: 지연 기간에 따라 추가 (몇 만 원 ~ 수십만 원까지 늘 수 있음)

결국 100만 원 → 120만+α로 늘어납니다.

다만, 기한을 놓쳤더라도 세무서에서 공식 통보 오기 전에 스스로 신고하면
기한 후 신고로 인정되어 무신고 가산세 일부가 감면될 수 있습니다.

“늦게라도 하는 게, 안 하는 것보다 훨씬 낫다”는 점만 꼭 기억하세요.


6. 유형별 실전 준비 순서 체크리스트

6-1. 순수 직장인(근로소득만 있는 경우)

  1. 연말정산 기간에 회사에서 알려주는 일정에 맞춰
  • 간소화 자료 확인(국세청)
  • 빠진 영수증(월세, 기부금 등) 추가 제출
  1. 연말정산 결과에서 “추가적으로 신고할 다른 소득이 없는지” 다시 점검
  2. 다른 소득이 없다면 5월 종합소득세는 보통 패스해도 됩니다.

6-2. 직장인 + 부업(프리랜서/콘텐츠 수익 등)

  1. 1~3월: 회사 연말정산은 그대로 진행
  2. 4월 말까지
  • 홈택스에서 지급명세서(원천징수 내역) 확인
  • 3.3% 원천징수된 내역, 기타소득 지급 명세 등을 미리 정리
  1. 5월 1~6월 2일 사이
  • 홈택스 → “종합소득세 신고” 메뉴 접속
  • 근로소득 + 부업 소득 함께 입력
  • 필요경비(부업 관련 장비, 소프트웨어, 교통비 등)도 꼼꼼히 정리해 비용 처리
  1. 계산 결과에 따라
  • 추가 납부 또는 환급 발생
  • 환급은 보통 6월 중 계좌로 입금

※ 가장 흔한 실수: “회사 연말정산 했으니, 부업은 3.3% 떼고 받았으니까 끝”이라고 생각하는 경우 → 거의 100% 신고 대상입니다.


6-3. 프리랜서·개인사업자(근로소득 없는 경우)

  1. 1년치 매출·비용 장부 정리(간편장부/복식부기/단순경비율 여부 확인)
  2. 노란우산공제, 연금계좌 납입, 카드 사용분 등 공제 항목 정리
  3. 5월에 홈택스로 종합소득세 신고
  4. 소득 규모가 크다면 11월 중간예납도 함께 챙기기

7. 내 상황 최종 점검 체크리스트

아래 네 가지 질문에 스스로 답해 보세요.

  • [ ] 올해 근로소득 외 다른 수입이 있었나?
  • [ ] 3.3% 원천징수된 수입(프리랜서, 용역비 등)이 있었나?
  • [ ] 두 군데 이상 회사에서 급여를 받았나?
  • [ ] 연말정산 없이 중도 퇴사했나?

👉 이 중 하나라도 Yes라면,

  • 연말정산 여부와 관계없이 5월 종합소득세 신고 대상일 가능성이 매우 높습니다.

마무리 – 헷갈리면 이렇게 기억하세요

  1. 직장인 월급만 있다 → 연말정산만
  2. 프리랜서·사업·부업 수입 있다 → 5월 종합소득세 필수
  3. 두 가지를 동시에 갖고 있으면 둘 다 해야 한다
  4. 요즘은 결혼, 헬스장·수영장, 노란우산공제 등
    챙기면 그대로 환급이나 절세가 되는 항목들이 계속 늘고 있다

1년에 한 번뿐이라 번거롭지만,
한 번 구조를 이해하고 나면 “아, 나는 매년 어디까지 해야 하는 사람인지”가 딱 감이 옵니다.
그 상태에서 홈택스 화면만 조금 익혀두면, 세금은 생각보다 훨씬 덜 무서워집니다.


다음에 읽으면 좋은 관련 주제:

  1. 1인 가구 연말정산 공제 체크리스트 (2025년)
  2. 교육비 세액공제 항목별 총정리(2025년) – 학원비도 된다고?
  3. 중도 입사·이직한 직장인을 위한 연말정산 A to Z
  4. 6개월 미만 근무자 · 단기 알바생의 연말정산 — 환급 가능 여부 완전 정리
  5. 기부금 세액공제, 똑똑하게 활용하는 완벽 가이드

댓글 남기기