중도 입사·이직한 직장인을 위한 연말정산 A to Z

한 줄 요약: 같은 해에 이직하거나 중도 입사·퇴사한 직장인은 12월 31일 기준 재직 여부근무 기간별 공제 적용 범위만 정확히 알면 연말정산에서 손해 볼 일을 크게 줄일 수 있습니다.


1. 왜 이렇게 헷갈릴까? 내 상황부터 정확히 정리하기

연말정산 시즌만 되면 이런 고민이 들죠.

“올해 중간에 퇴사했다가 다시 취업했는데, 나는 이직자인가 중도퇴사자인가?”
“입사 전 사용한 카드값도 공제되나?”
“5월에 종합소득세 신고를 꼭 해야 하는지 모르겠다…”

실제로 세법이 어려워서라기보다, 내가 어느 ‘케이스’에 속하는지부터 헷갈리는 경우가 많습니다. 먼저 본인의 상황을 딱 하나로 구분해 보세요.

1) 중도퇴사자

  • 해당 연도에 퇴사했고
  • 그해 12월 31일까지 다른 회사에 재취업하지 않은 경우

이 경우 회사는 퇴사 시점에 연말정산(정산)을 한 번 해 줍니다.
다만 퇴사할 때 간소화 자료를 모두 제출하지 못했다면, 기본공제·4대 보험 정도만 반영된 ‘최소한의 정산’으로 끝나는 경우가 많습니다. 이때 놓친 공제는 다음 해 5월 종합소득세 신고 때 스스로 정리할 수 있습니다.

2) 이직자

  • 연도 중 A회사 퇴사 후
  • 같은 해에 B회사에 입사했고
  • 12월 31일 기준으로 B회사에 재직 중인 경우

연말정산은 현 직장(마지막 회사) 에서 한 번만 합니다.
이때 A회사(전 직장) + B회사(현 직장) 소득을 모두 합산해서 정산해야 하므로, 전 직장 근로소득 원천징수영수증이 필수입니다.

3) 중도입사자(해당 연도 첫 직장)

  • 해당 연도에 처음 취업했고
  • 그 전에는 근로소득이 없던 경우

입사일 ~ 12월 31일까지의 급여만 가지고 현 직장에서 연말정산을 합니다.
입사 전에는 급여가 없었으므로, 카드 사용액 등 일부 공제는 기대보다 적게 나올 수 있습니다.


2. 이직자는 무조건 이것부터: 전 직장 원천징수영수증

이직자의 연말정산은 사실 구조가 단순합니다.

“현 직장에서 전·현 직장 소득을 모두 합산해서 한 번에 정산한다”

문제는 전 직장 자료가 없으면 이걸 할 수가 없다는 점입니다.

2-1. 원천징수영수증은 누가, 언제 줘야 할까?

법적으로는 회사(원천징수의무자)가 근로자에게 근로소득 원천징수영수증을 교부해야 합니다.

  • 계속 근무자: 다음 해 2월 말까지
  • 중도 퇴직자: 퇴직월 급여 지급일의 다음 달 말까지 교부 의무가 있습니다.

그래서 가장 빠르고 공식적인 방법은 이겁니다.

  1. 전 직장 인사·총무·재무팀에 연락
  2. 이메일(PDF) 또는 우편으로 근로소득 원천징수영수증 요청
  3. 파일을 받아 현 직장 인사팀 또는 연말정산 시스템에 업로드

2-2. 전 직장과 연락이 안 될 때: 홈택스 활용

전 직장과 사이가 좋지 않거나, 회사가 폐업·휴업 상태라면 국세청 홈택스에서 직접 확인할 수 있습니다.

  • 홈택스 접속 → 로그인
  • My홈택스연말정산·지급명세서지급명세서 등 제출내역 메뉴에서 조회 가능

다만 회사가 전년도 근로소득 지급명세서를 국세청에 제출한 뒤에야 자료가 뜨기 때문에, 보통 다음 해 3월 이후부터 조회되는 점을 기억해 두면 좋습니다.

2-3. 1월 연말정산까지 영수증이 없다면?

이 경우 현실적인 대응은 이렇게 나뉩니다.

  1. 현 직장
  • 일단 현 직장 급여분만 가지고 연말정산을 진행
  • 전 직장 소득이 빠져 있으므로 정산 결과는 ‘잠정’ 상태에 가깝습니다.
  1. 다음 해 5월 종합소득세 신고에서
  • 전 직장 원천징수영수증을 포함해 전·현 직장 소득을 모두 합산
  • 빠졌던 공제(의료비, 교육비, 카드 사용액 등)를 다시 한 번 정리해 신고

근로소득도 종합소득에 포함되므로, 전 직장 소득을 신고하지 않으면 나중에 가산세(무신고·과소신고) 가 붙을 수 있습니다.
“귀찮아서 그냥 넘어가자” 했다가 수년 뒤에 추징되는 사례도 있으니, 꼭 신고해 두는 게 안전합니다.


3. 공백 기간, 카드·의료비도 공제될까? 항목별로 나눠 보기

가장 헷갈리는 질문이 바로 이거죠.

“퇴사하고 몇 달 무직이었는데, 그때 쓴 카드값이나 병원비도 공제되나요?”

핵심은 ‘근로소득이 있는 기간’에 대한 공제냐, ‘연간 납입액’ 기준 공제냐로 나뉜다는 점입니다.

3-1. 보통 근무 기간을 기준으로 보는 공제들

다음 항목들은 실무상 근로소득이 있는 기간의 지출을 기준으로 공제 여부를 판단합니다.

  • 신용카드·체크카드·현금영수증 사용액 소득공제
  • 의료비 세액공제
  • 교육비 세액공제
  • 보장성 보험료 세액공제
  • 주택자금 소득공제(주택담보대출 이자 등)
  • 월세 세액공제 등

예를 들어,

  • 2월 말 A사 퇴사
  • 3~5월 구직(무직)
  • 6월 B사 입사

라면, 회사 연말정산에서는 통상 1~2월, 6~12월 사이 지출분만 공제 대상이 되는 것이 일반적입니다.
무직 기간에 발생한 지출은 “근로소득에 대한 연말정산”의 공제 범위 밖이라, 회사 시스템에서 자동으로 제외되는 경우가 많습니다.

다만, 실제 입력 방식은 회사마다 다르므로

  • 인사·총무팀 또는 연말정산 담당자에게

“입·퇴사일 기준으로 공제기간이 자동 설정되는지, 별도 수정이 필요한지”
를 확인해 두면 더 안전합니다.

3-2. 근무 기간과 관계 없이 ‘연간 납입액’으로 공제받는 항목

반대로, 근로기간과 크게 상관 없이 연간 납입금액 전체를 기준으로 공제받는 항목도 있습니다.

대표적으로

  • 국민연금·공무원연금 등 법정 연금보험료 공제
  • 연금저축계좌 납입액 세액공제
  • (일부) 개인연금저축 소득공제
  • 소기업·소상공인 공제부금(노란우산공제) 소득공제
  • 각종 기부금 세액공제(법정·지정·정치자금 기부금 등)

이런 항목은 “어디에 다니고 있었느냐”보다,

“해당 연도에 실제로 얼마를 납입했느냐”
가 더 중요합니다.

그래서 무직 기간에 납입한 연금·노란우산·기부금도 보통은 전액 공제 대상이 될 수 있습니다.
연말정산 간소화 서비스나 금융회사 연말정산 자료에서 빠지지 않았는지만 꼼꼼히 확인하면 됩니다.


4. 2025년(2024년 귀속) 연말정산 일정 감 잡기 + 체크리스트

세부 날짜는 매년 국세청 공지에 따라 조금씩 바뀌지만, 큰 흐름은 거의 비슷합니다. 2024년 귀속 소득을 정산하는 2025년 연말정산도 다음과 같은 구조로 진행됩니다.

4-1. 연말정산 흐름 한눈에 보기

  1. 1월 중순 전후
  • 국세청 연말정산 간소화 서비스 오픈
  • 병원·교육기관·카드사·은행 등에서 제출한 공제 자료를 한 번에 조회 가능
  1. 1~2월
  • 회사가 정한 기한까지 근로자가 간소화 자료를 내려받아 제출
  • 또는 간소화 자료 일괄제공 동의를 통해 회사가 직접 자료 수신
  1. 1~3월
  • 회사가 연말정산 결과를 급여에 반영(추가 납부/환급)
  • 원천세 신고 및 지급명세서 제출로 마무리

날짜 자체보다 중요한 건 “회사마다 제출 기한이 다르다”는 점입니다.
회사 공지에서 안내하는 ‘자료 제출 마감일’은 꼭 캘린더에 체크해 두세요.

4-2. 이직자·중도입사자 전용 체크리스트

아래 체크리스트에서 3개 이상 체크된다면 준비는 잘되고 있는 편입니다.

  • [ ] 전 직장 근로소득 원천징수영수증을 이미 확보했다.
  • [ ] 현 직장 인사팀에 “이직자”라는 사실을 알리고, 전 직장 자료 제출 여부를 공유했다.
  • [ ] 연말정산 간소화 자료에서 부양가족, 카드, 의료비, 교육비, 주택·월세 자료를 한 번 이상 직접 검토했다.
  • [ ] 무직 기간이 있었다면, 그 기간 지출은 회사 시스템에서 공제기간 밖으로 처리되는지 확인했다.
  • [ ] 국민연금, 연금저축계좌, 노란우산, 기부금 등 근무기간과 무관한 공제 항목을 별도로 체크해 두었다.
  • [ ] 간소화 자료 일괄제공 동의 여부를 확인했다(회사에서 요구 시).

5. 중도퇴사 후 재취업 없음: 5월 종합소득세 신고로 마무리

연도 중에 퇴사하고, 그해 12월 31일까지 새 직장을 잡지 못했다면 대부분 두 단계로 진행됩니다.

  1. 퇴사 시 회사가 해당 회사 급여분에 대한 연말정산을 먼저 해 줌
  2. 다음 해 5월 종합소득세 신고에서 누락된 공제나 다른 소득을 최종 정리

5-1. “모든 중도퇴사자가 5월에 꼭 신고해야 하나요?”

중요한 포인트는 이겁니다.

  • 근로소득만 있고
  • 퇴사 시 연말정산을 이미 제대로 마쳤다면

법적으로 추가 신고 의무는 없는 경우가 많습니다.

다만 현실에서는

  • 퇴사할 때 간소화 자료를 다 못 모았거나
  • 공제 항목(의료비·카드·교육비·월세 등)을 거의 반영하지 못한 경우가 많습니다.
  • 또 다른 소득(프리랜서·사업·임대·금융소득 등)이 있다면 어차피 종합소득세 신고를 해야 합니다.

그래서 “꼭 의무라서”가 아니라, “돌려받을 세금이 있을 가능성이 높아서” 5월 신고를 권하는 경우가 많다고 이해하시면 됩니다.

5-2. 5월 종합소득세 신고 핵심 정리

  • 신고 기간: 매년 5월 1일 ~ 5월 31일
  • 신고 대상 소득: 근로소득, 사업소득, 이자·배당, 연금, 기타소득 등 6가지 소득을 모두 합산

준비 서류 예시

  • 전 직장 근로소득 원천징수영수증
  • 연말정산 간소화 자료(의료비, 교육비, 카드, 기부금, 월세 등)
  • 프리랜서·사업 등 다른 소득이 있다면 그에 대한 지급명세서·통장 내역 등

홈택스로 신고하는 기본 순서

  1. 홈택스 접속 후 로그인
  2. 세금신고종합소득세정기 신고 작성 선택
  3. 전 직장 원천징수영수증, 기타 소득 자료를 입력
  4. 소득공제·세액공제 항목을 하나씩 체크하며 입력
  5. 미리보기로 환급·추가납부 금액 확인 후 신고서 제출

몇 년치 자료를 모아 한 번에 정리하면 수십만 원 단위 환급이 나오는 경우도 적지 않으니, 5월을 “두 번째 연말정산”이라고 생각해도 좋습니다.


6. 마무리: 상황별로 딱 이것만 기억하자

정리해 보면, 중도 입사·이직이라고 해서 연말정산이 특별히 복잡한 건 아닙니다.
“내가 어떤 케이스인지” + “공제 기간이 어디까지인지”만 알면 됩니다.

✅ 이직자

  • 12월 31일 기준 재직 중인 현 직장에서 한 번만 연말정산
  • 전 직장 원천징수영수증을 꼭 확보해서 제출
  • 만약 시기에 맞춰 제출하지 못했다면, 5월 종합소득세 신고로 전·현 직장 소득을 다시 합산해 정리

✅ 중도입사자(해당 연도 첫 직장)

  • 입사일 이후 급여만 가지고 현 직장에서 연말정산
  • 입사 전 카드·의료비 지출은 연말정산에서 공제되지 않는 부분이 많다는 점을 감안
  • 대신 국민연금, 연금저축, 노란우산, 기부금 등 연간 납입액 기준 공제 항목은 빠짐없이 챙긴다.

✅ 중도퇴사자(재취업 없음)

  • 퇴사 시 회사가 1차 연말정산을 해주지만, 공제가 충분히 반영되지 못할 수 있음
  • 더 돌려받을 여지가 있다고 느껴지면, 다음 해 5월 종합소득세 신고로 누락된 공제를 반영
  • 근로소득 외 사업·임대·프리랜서 소득이 있다면 어차피 5월 신고가 필요하므로, 이때 함께 정리

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